Il Villaggio della Pioggia (Amegakure lett. "Villaggio nascosto nella Pioggia") è un piccolo villaggio del Paese della Pioggia, governato da Pain, membro dell'Akatsuki, il cui vero nome è Nagato. I ninja di questo villaggio sembrano essere nukenin o futuri nukenin. Nient'altro a parte questo si sa su questo villaggio, ma è ragionevole pensare che i suoi ninja utilizzino tecniche d'acqua. Inoltre i ninja di questo villaggio sono dotati di strumenti che permettono loro di respirare sott'acqua. Dopo la morte di Nagato, il nuovo capo del Villaggio della Pioggia potrebbe essere la sua compagna, Konan. Un tempo il leader del Villaggio era Hanzo Delle Salamandre.
Nei capitoli 366 e 367 del manga si fa riferimento ad una guerra civile che dilania il paese. Si scopre così che Pain capo dell'Akatsuki è il leader di una delle due fazioni in lotta. Tsunade afferma inoltre che il Villaggio della Pioggia manca di una forza autoritaria centrale, perché il suo territorio è stato spesso usato come zona di guerra dalle grandi terre ninja, compreso Vento e Fuoco.
Nel cap 369 del manga Jiraya, infiltratosi nel Villaggio della Pioggia, scopre che Pain ha vinto la guerra civile, sconfiggendo il vecchio regime, comandato da Hanzou delle salamandre ( il ninja che nominò i 3 sannin ), la notizia non è trapelata all'esterno per non allarmare i 5 grandi Paesi. Ora Pain sembra essere venerato come un dio dai ninja della pioggia e il suo potere è assoluto. Ciò nonostante, viene descritto come un paese dai confini estremamente sorvegliati e difficile da penetrare. Gli stranieri presenti devono attenersi a regole precise per poter soggiornare
